Cây phát sinh chủng loại – dựng cây từ đặc điểm phái sinh và trình tự

Thuộc chủ đề Bằng chứng tiến hoá (Sinh học 12, Chương trình GDPT 2018): bằng chứng giải phẫu so sánh và bằng chứng sinh học phân tử cho thấy các loài có chung nguồn gốc. Cây phát sinh chủng loại sắp xếp các loài theo mức độ họ hàng: các loài cùng mang một đặc điểm phái sinh chung, hoặc có trình tự DNA, protein giống nhau nhiều, có tổ tiên chung gần hơn. Mô phỏng cho học sinh tự dựng cây theo cả hai cách rồi so với cây được công nhận. Với bộ dữ liệu đặc điểm (động vật có xương sống, thực vật), bấm vào ô của bảng để đổi 0 và 1, bật tắt từng đặc điểm, đổi nhóm ngoài; cây phân nhánh và sơ đồ tập lồng nhau vẽ lại ngay, đặc điểm mâu thuẫn được tô đỏ là đồng quy. Với bộ dữ liệu trình tự (linh trưởng, protein kiểu cytochrome c, gene rRNA của ba lãnh giới), xem trình tự đã sắp thẳng hàng, bảng số vị trí khác và % giống nhau, rồi bấm lần lượt vào cặp gần nhất để nối thành cây (phương pháp UPGMA). Đổi độ dài trình tự để thấy trình tự ngắn dễ cho cây sai. Đồng hồ phân tử hiệu chỉnh bằng một điểm phân li có tuổi hoá thạch rồi ước tính tuổi các nút. Chọn nhóm truyền thống như bò sát, cá, sinh vật nhân sơ để xem nhóm đó là đơn ngành, cận ngành hay đa ngành. Trình tự là mô phỏng, không lấy từ cơ sở dữ liệu thật. Câu hỏi gợi ý: – Vì sao cần nhóm ngoài để xác định đặc điểm nào là phái sinh? – Vì sao cây dựng từ trình tự ngắn đôi khi khác cây được công nhận? – Vì sao nhóm "sinh vật nhân sơ" không phải một nhánh trên cây ba lãnh giới?